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人全外显子组序列捕获及第二代测序 

作者:广州天祥生物科技有限公司 浏览: 发表时间:2020-09-11 11:03:28

概述 


  外显子组是指全部外显子区域的集合,该区域包含合成蛋白质所需要的重要信息,涵盖了与个体表型相关的大部分功能性变异。外显子组序列捕获及第二代测序是一种新型的基因组分析技术:外显子序列捕获芯片(或溶液)可在同一张芯片上以高特异性和高覆盖率捕获研究者感兴趣的目标外显子区域,后续利用Solexa/SOLiD/Roche 454测序直接解析数据。


与全基因组重测序相比,外显子组测序只需针对外显子区域的DNA即可,覆盖度更深、数据准确性更高,更加简便、经济、高效。可用于寻找复杂疾病(如:癌症、糖尿病、肥胖症等)的致病基因和易感基因等的研究。同时,基于大量的公共数据库提供的外显子数据,我们能够结合现有资源更好地解释我们的研究结果。 


目前,SBC提供的外显子组序列捕获芯片是NimbleGen Sequence Capture 2.1M Human Exome Array及Agilent SureSelect Target Enrichment System(Human Exome)。  技术路线    以Nimblegen外显子捕获结合Solexa测序为例加以说明:基因组DNA首先被随机打断成500bp左右的片段,随后在DNA片段两端分别连接上接头。经过PCR库检合格后的DNA片段与NimbleGen 2.1M Human Exome Array芯片进行杂交。去除未与芯片结合的背景DNA后,将经过富集的外显子区域的DNA片段洗脱下来。这些DNA片段又随机连接成长DNA片段后,再次被随机打断并在其两端加上测序接头,经过LM-PCR的线性扩增,在经qPCR质量检测合格后即可上机测序。


研究内容  1.外显子组捕获与测序 将基因组DNA随机打断成片段,通过与人全外显子捕获芯片杂交富集外显子区域,通过第二代测序技术对捕获的序列进行测序。  2.基本数据分析 数据产出统计:对测序结果进行图像识别(Base calling),去除污染及接头序列;统计结果包括:测定的序列(Reads)长度、Reads数量、数据产量。  3. 高级数据分析 高级数据分析内容包括:  (1)Clean reads序列与参考基因组序列比对;  (2)目标外显子区域测序深度分析;  (3)目标外显子区域一致序列组装;(4)目标外显子区域SNP检测及在CCDS数据库中的注释;  (5)可变剪切、基因融合、外显子融合分析。



人全外显子组序列捕获及第二代测序 
  外显子组是指全部外显子区域的集合,该区域包含合成蛋白质所需要的重要信息,涵盖了与个体表型相关的大部分功能性变异。
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